在高新认定工作当中出现的问题大抵可以总结如下：
1.不理解、不清楚新政策。不少企业没有关注新的高新认定标准，对于新的标准不太了解，在准备资料的过程中，仍然按照往年的思路进行，结果资料不完备，从而导致无法通过认定。
2.不重视本次认定。部分企业员工受了一些培训机构的讲解后，认为资料准备相对简单，没有系统的安排重新认定的准备工作、投入足够的人力，结果认定准备混乱，资料无法体现企业材高新资质，最终也无法通过认定。
3.企业内部工作不能够协调。高新认定工作涉及财务、技术、人力等诸多部门，由于事前未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报的过程、甚至无法完成年度的申报。
二、自身资质问题
在具体高新认定条件准备中，我们发现企业自身资质疑难点主要集中在以下几个方面：
(一)技术性指标不达标
1.高新领域无法界定。
由于此次高新领域的调整，原有的部分领域被删除或简化，同时新的领域在某些部分存在含糊，比如第五大类的“高技术服务业”，规定甚为笼统。因此不少企业无法找到完全贴合企业产品或技术的领域，从而导致企业在申报时出现领域选择不准确而无法通过评审的情况。
2.核心自主知识产权缺乏。
由于中国专利保护力度仍然在完善当中，当企业拥有了行业领先的技术后，一般不太愿意进行公开专利申请。这就导致很多企业虽然具有符合高新领域的技术或产品，其相应的技术等也的确达到国内甚至国际领先水平，但囿于专利申请的限制，依然无法达到高新认定的要求。
3.项目归集困难。
在本次新标准下，很多企业进行项目归集时不能很好的描绘出符合高新领域的要素，导致研发项目不被评审专家所认可，从而使得该项目相关的费用等被扣除出研发费用，进而让企业出现研发费用达不到比例的境况。
(二)财务性指标不足
1.研发费用不足
对于研发费用归集，财税【2006】88号文，财企【2007】194号文均有相关规定，而本次工作指引最终设定的研发费用核算范围与会计准则并不一致，企业进行费用归集的时候存在障碍，甚至不少进行专项审计的中介机构在前期也无法明确研发费用的归集，这在很大程度上拖延了企业材高新申报进程。在此，对研发费用的八个核算范围详列如下，以供参考：
(1)人员人工。从事研究开发活动人员(也称研发人员)全年工资薪金，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出。社会保险不被纳入此项投入。
(2)直接投入。企业为实施研究开发项目而购买的原材料等相关支出。如：水和燃料(包括煤气和电)使用费等;用于中间试验和产品试制达不到固定资产标准的模具、样品、样机及一般测试手段购置费、试制产品的检验费等;用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费;以经营租赁方式租入的固定资产发生的租赁费等。
(3)折旧费用与长期待摊费用。包括为执行研究开发活动而购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括研发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
(4)设计费用。为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等发生的费用。
(5) 装备调试费。主要包括工装准备过程中研究开发活动所发生的费用(如研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等)。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入。
(6)无形资产摊销。因研究开发活动需要购入的专有技术(包括专利、非专利发明、许可证、专有技术、设计和计算方法等)所发生的费用摊销。
(7)委托外部研究开发费用。是指企业委托境内其他企业、大学、研究机构、转制院所、技术专业服务机构和境外机构进行研究开发活动所发生的费用(项目成果为企业拥有，且与企业材主要经营业务紧密相关)。委托外部研究开发费用的发生金额应按照独立交易原则确定。认定过程中，按照委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额。
(8) 其他费用。如办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等。此项费用一般不得超过研究开发总费用的10%，另有规定的除外。
2.高新收入达不到标准
企业高新产榀的收入一般容易核算。但一些从事高新技术服务的企业则存在问题，由于原有管理的缺失，许多企业材技术服务收入并未在技术市场进行登记，或登记的合同实际收入未满总收入的60%。对于这一情况，在2008年度的认定工作中，各地机构把握的尺度并不统一。以北京为例，科委要求该类企业在高新申报时必须提供登记合同，而其他很多地方则并没有如此要求。但可以预见的是，在2009年随着高新认定工作的进一步完善，技术服务收入的合同必须登记将成为高新申报的必备条件。
(三)其他指标存在问题
在本次认定过程中，有不少企业组织管理水平欠缺。比较突出的就是许多原本就具有高新资格的企业并没有相对完善的研发组织和管理制度，较多的采取的是粗放式管理，在准备相关资料的时候未能较好的进行提炼整合，使得企业在此方面不能够很好的得分。
此外，在科技与研发人员管理上，也有企业相对不完善，特别是一些科研院所转制的企业，院企不分，导致科技与研发人员无法确定人数。