1、生态系统结构是指生态系统各种成分在空间上和时间上相对有序稳定状态。包括形态和营养关系两方面的内容。生态系统的形态结构：生态系统的生物种类、种群数量、种群的空间配置 (水平分布、垂直分布)、种的时间变化 (发育) 等，构成了生态系统的形态结构。如一个森林生态系统，其中动物、植物、微生物的种类，以及每一生物种类的生物数量在一定的时间内相对稳定。
2、在空间 (三维) 结构上，自上而下有明显的层次现象，高层有乔木，中层有灌木，中下层有草本植物，地面有苔藓、地衣类，地下有根系。生态系统的营养结构：生态系统各组成成分之间建立起来的营养关系，就构成了生态系统的营养结构，它是生态系统中能量和物质流动的基础。